Идея создания архива для документов по личному составу ликвидированных организаций возникла в 1992 году. В это время в результате распада СССР и перестройки экономики на рыночную основу стали закрываться первые научно-исследовательские и проектные институты, распадаться научно-производственные объединения и другие государственные учреждения. У ликвидируемых организаций не было правопреемников, поскольку они подчинялись союзным и республиканским министерствам и ведомствам. Если управленческая, научная и техническая документация подлежала сдаче в госархивы, то документы по личному составу оставались бесхозными. Этот вопрос прорабатывался в Комитетах Мэрии с 1993 года, а позднее и в Администрации Санкт-Петербурга. Решение проблемы создания государственного архива, специализирующегося на приёме документов по личному составу, затянулось на несколько лет. И только в марте 1999 года, наконец, было издано Распоряжение губернатора Санкт-Петербурга (№ 244-р от 11.03.99) о создании Центрального государственного архива документов по личному составу ликвидированных государственных предприятий, учреждений, организаций Санкт-Петербурга (ЦГАЛС СПб).
Устав ЦГАЛС СПб был зарегистрирован 25 мая 1999 года, им определялись основные задачи Архива:
Осуществление приёма на государственное хранение документов по личному составу ликвидированных организаций.
Обеспечение сохранности принятых документов.
Организация использования документов в целях удовлетворения запросов граждан.
Функционировать архив начал с 01 июня 1999 года. До конца 1999 года было принято 57 фондов в количестве 14,1 тыс. ед. хр. К концу 2002 г. было принято уже 363 фонда - 83,7 тыс. ед. хр.